El club fue fundado en 1997, con el nombre de Dinamo Bakú tras la fusión del Gartal-95 con el PA Činar (equipo que esa misma temporada había ascendido a la primera división de Azerbaiyán). Su primera temporada fue, pues, en la máxima categoría, logrando el subcampeonato por detrás del FK Kapaz Gandja.
En 2004 el club cambió su nombre al actual. La temporada 2004-05 conquistó su primer título, la Copa de Azerbaiyán, lo que le permitió debutar en competición europea, siendo eliminado en la primera ronda clasificatoria de la Copa de la UEFA por el FC Argeş Piteşti rumano.
La temporada 2005-06 conquistó la liga, tras una lucha codo a codo con el FK Karvan. El FK Baku consiguió desbancar al Karvan del liderato y alzarse con su primer título liguero gracias a una racha final de ocho partidos invicto e imbatido, rematada con una victoria en la última jornada en el campo del rival ciudadano, el Inter.[1] Ello le permitió debutar la temporada 2006-07 en la Liga de Campeones, donde fue superado en la ronda previa por el representante de Georgia, el FC Sioni Bolnisi.
Historial reciente
Temporada
Liga
Pos.
Copa
Competición europea
2004/05
Yuksak Liqa (I)
5º
Campeón
No disputó
2005/06
Yuksak Liqa (I)
1º
Cuartos de final
UEFA Cup
1ª Ronda
2006/07
Yuksak Liqa (I)
3º
Cuartos de final
Champions League
1ª Ronda
2007/08
Yuksak Liqa (I)
8º
No disputó
2008/09
Yuksak Liqa (I)
1º
Champions League
3ª Ronda
Uniforme
Uniforme titular: Camiseta azul y blanca a rayas horizontales, pantalón azul, medias azules.