Wojciech Karłowski

Wojciech Karłowski
Ilustracja
Data i miejsce urodzenia

10 stycznia 1966
Poznań

Profesor nauk biologicznych
Specjalność: bioinformatyka, biologia obliczeniowa, biologia molekularna, genetyka molekularna, genomika
Alma Mater

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Doktorat

1996 – biologia molekularna

Habilitacja

2008 – biologia

Profesura

2014

Naukowiec i nauczyciel akademicki
Uczelnia

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Wydział

Wydział Biologii

Stanowisko

Profesor

Kierownik Zakładu Biologii Obliczeniowej

Wojciech Maciej Karłowski (ur. 10 stycznia 1966) – polski biolog specjalizujący się w biologii molekularnej i bioinformatyce[1]. Profesor nauk biologicznych[2]. Kierownik Zakładu Biologii Obliczeniowej na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Jego zainteresowania naukowe obejmują identyfikację niekodujących RNA, genomikę, analizy wysokoprzepustowe i adnotację funkcjonalną sekwencji biologicznych.

Życiorys naukowy

Ukończył studia o specjalności biologia molekularna na Wydziale Biologii UAM w 1991 roku. W trakcie studiów odbył trzymiesięczną praktykę w ramach wymiany IAESTE w laboratorium prof. Lothara Jaenickego(inne języki) w Instytucie Biochemii Uniwersytetu w Kolonii.

W latach 1991–1996 kształcił się w kierunku genetyki molekularnej roślin w ramach studium doktoranckiego na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza. Jego prace badawcze dotyczyły molekularnych mechanizmów zaangażowanych w procesy symbiotycznego wiązania azotu przez rośliny motylkowe. Rozprawę doktorską pod tytułem 'Geny kodujące brodawkowo-specyficzne białka prolino-bogate w łubinie żółtym’ obronił w 1996 roku. Promotorem w jego przewodzie doktorskim był prof. dr hab. Andrzej Legocki[1].

Odbył staż podoktorski w laboratorium prof. dr Ann Hirsch w Institute of Molecular, Cell and Developmental Biology University of California Los Angeles (UCLA) w latach 1997–2000. Tematyka jego prac badawczych w tym okresie dotyczyła zagadnień związanych z interakcjami symbiotycznymi roślin motylkowych i bakterii oraz charakterystyki nowego genu zidentyfikowanego podczas analizy mutantów lucerny (Medicago sativa) zablokowanych na wczesnych etapach rozwoju symbiozy[3].

W latach 2001–2004 pracował jako naukowiec w Instytucie Bioinformatyki / Munich Information Center for Protein Sequences (MIPS) w Monachium w grupie dr Klausa F.X. Mayera[4][5][6]. Realizował tam badania poświęcone genomice obliczeniowej roślin we współpracy z takimi ośrodkami naukowymi, jak Arizona Genomics Institute, Whitehead Institute(inne języki) czy Rutgers University. Najważniejszy projekt, nad którym pracował podczas pobytu w Monachium, dotyczył bioinformatycznej analizy danych produkowanych w trakcie sekwencjonowania genomu kukurydzy. Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych technik biologii obliczeniowej umożliwił on pierwsze spojrzenie na skład genomu kukurydzy oraz historię jego ewolucji[7].

W 2004 roku podjął pracę na Wydziale Biologii UAM. W 2007 roku odbył 3 miesięczny staż na Uniwersytecie w Perpignan we Francji w ramach projektu Marie Curie Host Fellowships for the Transfer of Knowledge. Rozpoczął w tym czasie projekt naukowy poświęcony analizom bioinformatycznym domen białkowych zaangażowanych w procesy wyciszania transkrypcji we współpracy z dr Thierrym Lagrange[8][9]. W 2008 roku został zaproszony przez Uniwersytet w Perpignan jako profesor wizytujący i realizował tam projekt związany z identyfikacją oraz analizą funkcji miRNA w ryżu we współpracy z prof. Manuelem Echeverria[10]. W tym samym roku Rada Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza nadała mu stopień doktora habilitowanego nauk biologicznych w zakresie biologii[1]. W czerwcu 2009 roku objął stanowisko profesora nadzwyczajnego w Pracowni Bioinformatyki. Jednocześnie założył własną grupę badawczą, która zajmowała się projektami z obszaru genomiki, analiz danych biologicznych oraz badaniami nad niekodującymi RNA.

W 2014 roku uzyskał tytuł profesora nauk biologicznych[2]. W tym samym roku objął stanowisko profesora na Wydziale Biologii UAM oraz zaczął kierować Zakładem Biologii Obliczeniowej. Jego zespół pracuje nad projektami związanymi z analizą danych biologicznych. W swoich badaniach wykorzystuje metody obliczeniowe do poznawania procesów biologicznych oraz prowadzenia wysokoprzepustowych analiz porównawczych, funkcjonalnych i ewolucyjnych w biologii molekularnej[11][12][13][14][15].

Jest autorem szeregu publikacji w międzynarodowych czasopismach naukowych[16][17][18].

Przypisy

  1. ↑ a b c Prof. dr hab. Wojciech Maciej Karłowski, [w:] baza „Ludzie nauki” portalu Nauka Polska (OPI PIB) [dostęp 2021-02-20] .
  2. ↑ a b WoltersW. Kluwer WoltersW., Nadanie tytułu profesora. [online], OpenLEX [dostęp 2021-02-13]  (pol.).
  3. ↑ Wojciech M.W.M. Karlowski Wojciech M.W.M., The over-expression of an alfalfa RING-H2 gene induces pleiotropic effects on plant growth and development, „Plant Molecular Biology”, 52 (1), 2003, s. 121–133, DOI: 10.1023/A:1023916701669 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  4. ↑ Shin-HanS.H. Shiu Shin-HanS.H. i inni, Comparative Analysis of the Receptor-Like Kinase Family in Arabidopsis and Rice[W], „The Plant Cell”, 16 (5), 2004, s. 1220–1234, DOI: 10.1105/tpc.020834, PMID: 15105442, PMCID: PMC423211 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  5. ↑ Wojciech M.W.M. Karlowski Wojciech M.W.M. i inni, MOsDB: an integrated information resource for rice genomics, „Nucleic Acids Research”, 31 (1), 2003, s. 190–192, DOI: 10.1093/nar/gkg073, PMID: 12519979, PMCID: PMC165520 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  6. ↑ KathrinK. Schrick KathrinK. i inni, START lipid/sterol-binding domains are amplified in plants and are predominantly associated with homeodomain transcription factors, „Genome Biology”, 5 (6), 2004, DOI: 10.1186/gb-2004-5-6-r41, PMID: 15186492, PMCID: PMC463074 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  7. ↑ JoachimJ. Messing JoachimJ. i inni, Sequence composition and genome organization of maize, „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”, 101 (40), 2004, s. 14349–14354, DOI: 10.1073/pnas.0406163101, PMID: 15388850, PMCID: PMC521949 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  8. ↑ Wojciech M.W.M. Karlowski Wojciech M.W.M. i inni, Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis, „Nucleic Acids Research”, 38 (13), 2010, s. 4231–4245, DOI: 10.1093/nar/gkq162, PMID: 20338883, PMCID: PMC2910046 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  9. ↑ DominiqueD. Pontier DominiqueD. i inni, NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis, „Molecular Cell”, 48 (1), 2012, s. 121–132, DOI: 10.1016/j.molcel.2012.07.027 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  10. ↑ S.-I.S.I. Lin S.-I.S.I. i inni, Complex Regulation of Two Target Genes Encoding SPX-MFS Proteins by Rice miR827 in Response to Phosphate Starvation, „Plant and Cell Physiology”, 51 (12), 2010, s. 2119–2131, DOI: 10.1093/pcp/pcq170 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  11. ↑ combio | Research [online], combio.pl [dostęp 2021-02-19] .
  12. ↑ AndrzejA. Zielezinski AndrzejA. i inni, Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods, „Genome Biology”, 20 (1), 2019, DOI: 10.1186/s13059-019-1755-7, PMID: 31345254, PMCID: PMC6659240 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  13. ↑ AndrzejA. Zielezinski AndrzejA., Wojciech M.W.M. Karlowski Wojciech M.W.M., Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs, „Bioinformatics”, 31 (3), 2015, s. 332–339, DOI: 10.1093/bioinformatics/btu666 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  14. ↑ The RNAcentral Consortium i inni, RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences, „Nucleic Acids Research”, 47 (D1), 2019, D221–D229, DOI: 10.1093/nar/gky1034, PMID: 30395267, PMCID: PMC6324050 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  15. ↑ AgnieszkaA. Thompson AgnieszkaA. i inni, tRex: A Web Portal for Exploration of tRNA-Derived Fragments in Arabidopsis thaliana, „Plant and Cell Physiology”, 59 (1), 2018, e1, DOI: 10.1093/pcp/pcx173 [dostęp 2024-07-23]  (ang.).
  16. ↑ Wojtek Karlowski [online], scholar.google.com [dostęp 2021-02-18] .
  17. ↑ ORCID, Wojciech Karlowski (0000-0002-8086-5404) [online], orcid.org [dostęp 2021-02-18]  (ang.).
  18. ↑ https://www.researchgate.net/profile/Wojciech_Karlowski.

Linki zewnętrzne

  • Strona Zakładu Biologii Obliczeniowej UAM: combio.pl.
  • ISNI: 000000012031833X
  • ORCID: 0000-0002-8086-5404
  • VIAF: 102239360
  • LCCN: n2011040055
  • NKC: mzk2008486234
  • PLWABN: 9810686319705606
  • NUKAT: n2007139719
Identyfikatory zewnętrzne:
  • identyfikator osoby w serwisie „Nauka Polska”: 95541
  • Ludzie Nauki: ccEuH56XU02
  • Scopus: 6603240651
  • Google Scholar: XX1GbB8AAAAJ