DDX5

Геликаза бокса DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 5
Доступные структуры
PDB Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB

3FE2, 4A4D

Идентификаторы
Символ DDX5 ; G17P1; HLR1; HUMP68; p68
Внешние ID OMIM: 180630 MGI: 105037 HomoloGene: 6797 GeneCards: Ген DDX5
номер EC 3.6.4.13
Функция • transcription coactivator activity

• RNA helicase activity
• ATP-dependent RNA helicase activity
• protein binding
• calmodulin binding
• ATP binding
• enzyme binding
• estrogen receptor binding
• pre-mRNA binding
• poly(A) RNA binding
• calcium-dependent protein binding

• androgen receptor binding
Компонент клетки • nucleus

• nucleolus
• membrane
• ribonucleoprotein complex
• extracellular vesicular exosome

• catalytic step 2 spliceosome
Биологический процесс • negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter

• regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome
• mRNA splicing, via spliceosome
• in utero embryonic development
• ATP catabolic process
• transcription, DNA-templated
• circadian rhythm
• cell growth
• positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway
• positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator
• regulation of viral genome replication
• regulation of osteoblast differentiation
• positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
• regulation of androgen receptor signaling pathway
• intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator

• regulation of skeletal muscle cell differentiation
Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
Больше информации
Ортологи
Вид Человек Мышь
Entrez 1655 13207
Ensembl ENSG00000108654 ENSMUSG00000020719
UniProt P17844 Q61656
RefSeq (мРНК) NM_004396 NM_007840
RefSeq (белок) NP_004387 NP_031866
Локус (UCSC) Chr 17:
62.5 – 62.5 Mb		 Chr 11:
106.78 – 106.79 Mb
Поиск в PubMed Искать Искать

Предполагаемая АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX5, известная также как белок бокса DEAD 5 или РНК геликаза p68  — фермент, кодируемый у человека геном DDX5[1].

Функция

Белки DEAD бокса[англ.], характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), и предположительно являются РНК геликазами . Они участвуют во многих клеточных процессах, таких как изменения вторичной структуры РНК, инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг, сборки рибосом и сплайсосом. Основываясь на характере их распространения, некоторые члены этого семейства, как полагается, участвует в эмбриогенезе, сперматогенезе а также клеточном росте и делении. Этот ген кодирует белок DEAD бокса, являющийся РНК-зависимой АТФазой, а также связанным с пролиферацией ядерным антигеном, специфически реагирующим на опухолевый антиген обезьяньего вируса 40. Этот ген состоит из 13 экзонов, есть несколько вариантов сплайсинга, содержащие последовательности интронов, но изоформы, кодируемые этими транскриптами, обнаружены не были[1].

Взаимодействия

DDX5, как было выявлено, взаимодействует с:

Примечания

  1. ↑ 1 2 Entrez Gene: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 5  (неопр.).
  2. ↑ Akileswaran L., Taraska J.W., Sayer J.A., Gettemy J.M., Coghlan V.M. A-kinase-anchoring protein AKAP95 is targeted to the nuclear matrix and associates with p68 RNA helicase (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — May (vol. 276, no. 20). — P. 17448—17454. — doi:10.1074/jbc.M101171200. — PMID 11279182.
  3. ↑ Ogilvie V.C., Wilson B.J., Nicol S.M., Morrice N.A., Saunders L.R., Barber G.N., Fuller-Pace F.V. The highly related DEAD box RNA helicases p68 and p72 exist as heterodimers in cells (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2003. — March (vol. 31, no. 5). — P. 1470—1480. — doi:10.1093/nar/gkg236. — PMID 12595555. — PMC 149829.
  4. ↑ Wilson B.J., Giguère V. Identification of novel pathway partners of p68 and p72 RNA helicases through Oncomine meta-analysis (англ.) // BMC Genomics[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 8. — P. 419. — doi:10.1186/1471-2164-8-419. — PMID 18005418.
  5. ↑ Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., Kobayashi Y., Goto M., Tai H., Yanagisawa J., Metzger D., Hashimoto S., Kato S. Purification and Identification of p68 RNA Helicase Acting as a Transcriptional Coactivator Specific for the Activation Function 1 of Human Estrogen Receptor α (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — August (vol. 19, no. 8). — P. 5363—5372. — PMID 10409727. — PMC 84379.
  6. ↑ Rossow K.L., Janknecht R. Synergism between p68 RNA helicase and the transcriptional coactivators CBP and p300 (англ.) // Oncogene : journal. — 2003. — January (vol. 22, no. 1). — P. 151—156. — doi:10.1038/sj.onc.1206067. — PMID 12527917.
  7. ↑ Nicol S.M., Causevic M., Prescott A.R., Fuller-Pace F.V. The nuclear DEAD box RNA helicase p68 interacts with the nucleolar protein fibrillarin and colocalizes specifically in nascent nucleoli during telophase (англ.) // Exp. Cell Res.[англ.] : journal. — 2000. — June (vol. 257, no. 2). — P. 272—280. — doi:10.1006/excr.2000.4886. — PMID 10837141.
  8. ↑ Wilson B.J., Bates G.J., Nicol S.M., Gregory D.J., Perkins N.D., Fuller-Pace F.V. The p68 and p72 DEAD box RNA helicases interact with HDAC1 and repress transcription in a promoter-specific manner (англ.) // BMC Mol. Biol. : journal. — 2004. — August (vol. 5). — P. 11. — doi:10.1186/1471-2199-5-11. — PMID 15298701. — PMC 514542.
  9. ↑ 1 2 3 Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H., Takeyama K., Ogawa S., Arao Y., Suzawa M., Kobayashi Y., Yano T., Yoshikawa H., Masuhiro Y., Kato S. A subfamily of RNA-binding DEAD-box proteins acts as an estrogen receptor α coactivator through the N-terminal activation domain (AF-1) with an RNA coactivator, SRA (англ.) // EMBO J. : journal. — 2001. — March (vol. 20, no. 6). — P. 1341—1352. — doi:10.1093/emboj/20.6.1341. — PMID 11250900. — PMC 145523.
  10. ↑ Bates G.J., Nicol S.M., Wilson B.J., Jacobs A.M., Bourdon J.C., Wardrop J., Gregory D.J., Lane D.P., Perkins N.D., Fuller-Pace F.V. The DEAD box protein p68: a novel transcriptional coactivator of the p53 tumour suppressor (англ.) // EMBO J. : journal. — 2005. — February (vol. 24, no. 3). — P. 543—553. — doi:10.1038/sj.emboj.7600550. — PMID 15660129. — PMC 548656.
  11. ↑ Yao H., Brick K., Evrard Y., Xiao T., Camerini-Otero R.D., Felsenfeld G. Mediation of CTCF transcriptional insulation by DEAD-box RNA-binding protein p68 and steroid receptor RNA activator SRA (англ.) // Genes Dev : journal. — 2010. — Vol. 24, no. 22. — P. 2543—2555. — doi:10.1101/gad.1967810. — PMID 20966046. — PMC 2975930.

Литература

  • Iggo R.D., Jamieson D.J., MacNeill S.A., et al. p68 RNA helicase: identification of a nucleolar form and cloning of related genes containing a conserved intron in yeasts (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1991. — Vol. 11, no. 3. — P. 1326—1333. — PMID 1996094. — PMC 369403.
  • Hloch P., Schiedner G., Stahl H. Complete cDNA sequence of the human p68 protein (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 1990. — Vol. 18, no. 10. — P. 3045. — doi:10.1093/nar/18.10.3045. — PMID 2349099. — PMC 330836.
  • Ford M.J., Anton I.A., Lane D.P. Nuclear protein with sequence homology to translation initiation factor eIF-4A (англ.) // Nature : journal. — 1988. — Vol. 332, no. 6166. — P. 736—738. — doi:10.1038/332736a0. — PMID 2451786.
  • Iggo R., Gough A., Xu W., et al. Chromosome mapping of the human gene encoding the 68-kDa nuclear antigen (p68) by using the polymerase chain reaction (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1989. — Vol. 86, no. 16. — P. 6211—6214. — doi:10.1073/pnas.86.16.6211. — PMID 2762324. — PMC 297807.
  • Buelt M.K., Glidden B.J., Storm D.R. Regulation of p68 RNA helicase by calmodulin and protein kinase C (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1994. — Vol. 269, no. 47. — P. 29367—29370. — PMID 7525583.
  • Brody L.C., Abel K.J., Castilla L.H., et al. Construction of a transcription map surrounding the BRCA1 locus of human chromosome 17 (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 1995. — Vol. 25, no. 1. — P. 238—247. — doi:10.1016/0888-7543(95)80131-5. — PMID 7774924.
  • Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., et al. Purification and Identification of p68 RNA Helicase Acting as a Transcriptional Coactivator Specific for the Activation Function 1 of Human Estrogen Receptor α (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — Vol. 19, no. 8. — P. 5363—5372. — PMID 10409727. — PMC 84379.
  • Rössler O.G., Hloch P., Schütz N., et al. Structure and expression of the human p68 RNA helicase gene (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2000. — Vol. 28, no. 4. — P. 932—939. — doi:10.1093/nar/28.4.932. — PMID 10648785. — PMC 102575.
  • Nicol S.M., Causevic M., Prescott A.R., Fuller-Pace F.V. The nuclear DEAD box RNA helicase p68 interacts with the nucleolar protein fibrillarin and colocalizes specifically in nascent nucleoli during telophase (англ.) // Exp. Cell Res.[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 257, no. 2. — P. 272—280. — doi:10.1006/excr.2000.4886. — PMID 10837141.
  • Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H., et al. A subfamily of RNA-binding DEAD-box proteins acts as an estrogen receptor α coactivator through the N-terminal activation domain (AF-1) with an RNA coactivator, SRA (англ.) // EMBO J. : journal. — 2001. — Vol. 20, no. 6. — P. 1341—1352. — doi:10.1093/emboj/20.6.1341. — PMID 11250900. — PMC 145523.
  • Akileswaran L., Taraska J.W., Sayer J.A., et al. A-kinase-anchoring protein AKAP95 is targeted to the nuclear matrix and associates with p68 RNA helicase (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 20. — P. 17448—17454. — doi:10.1074/jbc.M101171200. — PMID 11279182.
  • Andersen J.S., Lyon C.E., Fox A.H., et al. Directed proteomic analysis of the human nucleolus (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 1. — P. 1—11. — doi:10.1016/S0960-9822(01)00650-9. — PMID 11790298.
  • Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.R., et al. Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis (англ.) // RNA : journal. — 2002. — Vol. 8, no. 4. — P. 426—439. — doi:10.1017/S1355838202021088. — PMID 11991638. — PMC 1370266.
  • Liu Z.R. p68 RNA Helicase Is an Essential Human Splicing Factor That Acts at the U1 snRNA-5′ Splice Site Duplex (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 22, no. 15. — P. 5443—5450. — doi:10.1128/MCB.22.15.5443-5450.2002. — PMID 12101238. — PMC 133941.
  • Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
  • Rossow K.L., Janknecht R. Synergism between p68 RNA helicase and the transcriptional coactivators CBP and p300 (англ.) // Oncogene : journal. — 2003. — Vol. 22, no. 1. — P. 151—156. — doi:10.1038/sj.onc.1206067. — PMID 12527917.
  • Guil S., Gattoni R., Carrascal M., et al. Roles of hnRNP A1, SR Proteins, and p68 Helicase in c-H-ras Alternative Splicing Regulation (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2003. — Vol. 23, no. 8. — P. 2927—2941. — doi:10.1128/MCB.23.8.2927-2941.2003. — PMID 12665590. — PMC 152554.
  • Fujita T., Kobayashi Y., Wada O., et al. Full activation of estrogen receptor alpha activation function-1 induces proliferation of breast cancer cells (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — Vol. 278, no. 29. — P. 26704—26714. — doi:10.1074/jbc.M301031200. — PMID 12738788.
  • Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.