CPSF6

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3P5T, 3P6Y, 3Q2S, 3Q2T, 4B4N, 4U0A, 4U0B, 4WYM

Ідентифікатори

Символи

CPSF6, CFIM, CFIM68, HPBRII-4, HPBRII-7, cleavage and polyadenylation specific factor 6, CFIM72

Зовнішні ІД

OMIM: 604979 MGI: 1913948 HomoloGene: 134126 GeneCards: CPSF6

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • RNA binding • nucleic acid binding • ribosomal large subunit binding • exon-exon junction complex binding
Клітинна компонента	• paraspeckles • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear speck • mRNA cleavage factor complex • perichromatin fibrils • цитоплазма • mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex • interchromatin granule • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• mRNA polyadenylation • mRNA processing • protein tetramerization • positive regulation of RNA export from nucleus • protein heterotetramerization • pre-mRNA cleavage required for polyadenylation • mRNA alternative polyadenylation • messenger ribonucleoprotein complex assembly
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


11052


432508

Ensembl


ENSG00000111605


ENSMUSG00000055531

UniProt


Q16630


Q6NVF9

RefSeq (мРНК)


NM_001300947 NM_007007


NM_001013391 NM_001310609

RefSeq (білок)


NP_001287876 NP_008938


NP_001013409 NP_001297538

Локус (UCSC)

Хр. 12: 69.24 – 69.27 Mb

Хр. 10: 117.18 – 117.22 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CPSF6 (англ. Cleavage and polyadenylation specific factor 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 551 амінокислот, а молекулярна маса — 59 210^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADGVDHIDI	YADVGEEFNQ	EAEYGGHDQI	DLYDDVISPS	ANNGDAPEDR
DYMDTLPPTV	GDDVGKGAAP	NVVYTYTGKR	IALYIGNLTW	WTTDEDLTEA
VHSLGVNDIL	EIKFFENRAN	GQSKGFALVG	VGSEASSKKL	MDLLPKRELH
GQNPVVTPCN	KQFLSQFEMQ	SRKTTQSGQM	SGEGKAGPPG	GSSRAAFPQG
GRGRGRFPGA	VPGGDRFPGP	AGPGGPPPPF	PAGQTPPRPP	LGPPGPPGPP
GPPPPGQVLP	PPLAGPPNRG	DRPPPPVLFP	GQPFGQPPLG	PLPPGPPPPV
PGYGPPPGPP	PPQQGPPPPP	GPFPPRPPGP	LGPPLTLAPP	PHLPGPPPGA
PPPAPHVNPA	FFPPPTNSGM	PTSDSRGPPP	TDPYGRPPPY	DRGDYGPPGR
EMDTARTPLS	EAEFEEIMNR	NRAISSSAIS	RAVSDASAGD	YGSAIETLVT
AISLIKQSKV	SADDRCKVLI	SSLQDCLHGI	ESKSYGSGSR	RERSRERDHS
RSREKSRRHK	SRSRDRHDDY	YRERSRERER	HRDRDRDRDR	ERDREREYRH
R

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Rueegsegger U., Blank D., Keller W. (1998). Human pre-mRNA cleavage factor Im is related to spliceosomal SR proteins and can be reconstituted in vitro from recombinant subunits. Mol. Cell. 1: 243—253. PMID 9659921 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80025-8
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Rueegsegger U., Beyer K., Keller W. (1996). Purification and characterization of human cleavage factor Im involved in the 3' end processing of messenger RNA precursors. J. Biol. Chem. 271: 6107—6113. PMID 8626397 DOI:10.1074/jbc.271.11.6107
Brown K.M., Gilmartin G.M. (2003). A mechanism for the regulation of pre-mRNA 3' processing by human cleavage factor Im. Mol. Cell. 12: 1467—1476. PMID 14690600 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00453-2
Dettwiler S., Aringhieri C., Cardinale S., Keller W., Barabino S.M. (2004). Distinct sequence motifs within the 68-kDa subunit of cleavage factor Im mediate RNA binding, protein-protein interactions, and subcellular localization. J. Biol. Chem. 279: 35788—35797. PMID 15169763 DOI:10.1074/jbc.M403927200
Awasthi S., Alwine J.C. (2003). Association of polyadenylation cleavage factor I with U1 snRNP. RNA. 9: 1400—1409. PMID 14561889 DOI:10.1261/rna.5104603

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13871 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q16630 (англ.) . Архів оригіналу за 6 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.