HDAC2

HDAC2
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

3MAX, 4LXZ, 4LY1

Ідентифікатори
Символи HDAC2, HD2, RPD3, YAF1, histone deacetylase 2, KDAC2
Зовнішні ІД OMIM: 605164 MGI: 1097691 HomoloGene: 68187 GeneCards: HDAC2
Реагує на сполуку
apicidin, belinostat, Масляна кислота, entinostat, givinostat, mocetinostat, panobinostat, quisinostat, romidepsin, trichostatin A, золінза, Viroporin 3a[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

• nucleosomal DNA binding
• heat shock protein binding
• transcription factor binding
• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
• enzyme binding
• NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific)
• protein deacetylase activity
• chromatin binding
• NF-kappaB binding
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• sequence-specific DNA binding
• hydrolase activity
• histone deacetylase activity
• RNA binding
• histone deacetylase binding
• deacetylase activity
• promoter-specific chromatin binding

Клітинна компонента

• цитоплазма
• клітинне ядро
• NuRD complex
• ESC/E(Z) complex
• Sin3 complex
• Хроматин
• нуклеоплазма
• histone deacetylase complex
• GO:0009327 protein-containing complex
• Sin3-type complex
• мембрана
• integral component of membrane

Біологічний процес

• cellular response to retinoic acid
• cellular response to heat
• ритмічний процес
• response to amphetamine
• negative regulation of DNA binding
• cardiac muscle hypertrophy
• odontogenesis of dentin-containing tooth
• positive regulation of proteolysis
• positive regulation of interleukin-1 production
• response to cocaine
• cellular response to transforming growth factor beta stimulus
• positive regulation of collagen biosynthetic process
• histone H3 deacetylation
• ремоделювання хроматину
• negative regulation of peptidyl-lysine acetylation
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
• response to nicotine
• embryonic digit morphogenesis
• negative regulation of MHC class II biosynthetic process
• negative regulation of DNA-binding transcription factor activity
• transcription, DNA-templated
• GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
• histone H4 deacetylation
• fungiform papilla formation
• positive regulation of tumor necrosis factor production
• response to caffeine
• negative regulation of dendritic spine development
• hair follicle placode formation
• epidermal cell differentiation
• positive regulation of oligodendrocyte differentiation
• negative regulation of neuron projection development
• response to hyperoxia
• dendrite development
• negative regulation of apoptotic process
• GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
• eyelid development in camera-type eye
• positive regulation of epithelial to mesenchymal transition
• circadian regulation of gene expression
• response to lipopolysaccharide
• behavioral response to ethanol
• GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
• cellular response to dopamine
• зсідання крові
• positive regulation of cell population proliferation
• histone deacetylation
• GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
• cellular response to hydrogen peroxide
• regulation of signal transduction by p53 class mediator
• positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein
• GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
• positive regulation of male mating behavior

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
3066
15182
Ensembl
ENSG00000196591
ENSMUSG00000019777
UniProt
Q92769
P70288
RefSeq (мРНК)
NM_001527
NM_008229
RefSeq (білок)
NP_001518
NP_032255
Локус (UCSC) Хр. 6: 113.93 – 114.01 Mb Хр. 10: 36.85 – 36.88 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

HDAC2 (англ. Histone deacetylase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 488 амінокислот, а молекулярна маса — 55 364[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYR
KMEIYRPHKATAEEMTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGED
CPVFDGLFEFCQLSTGGSVAGAVKLNRQQTDMAVNWAGGLHHAKKSEASG
FCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFH
KYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQIFKPIISKVM
EMYQPSAVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLG
GGGYTIRNVARCWTYETAVALDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSN
MTNQNTPEYMEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAVHEDSGDEDGE
DPDKRISIRASDKRIACDEEFSDSEDEGEGGRRNVADHKKGAKKARIEED
KKETEDKKTDVKEEDKSKDNSGEKTDTKGTKSEQLSNP

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

  • Yang W.-M., Inouye C.J., Zeng Y., Bearss D., Seto E. (1996). Transcriptional repression by YY1 is mediated by interaction with a mammalian homolog of the yeast global regulator RPD3. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93: 12845—12850. PMID 8917507 DOI:10.1073/pnas.93.23.12845
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Schmidt D.R., Schreiber S.L. (1999). Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4. Biochemistry. 38: 14711—14717. PMID 10545197 DOI:10.1021/bi991614n
  • Zhou S., Fujimuro M., Hsieh J.J., Chen L., Hayward S.D. (2000). A role for SKIP in EBNA2 activation of CBF1-repressed promoters. J. Virol. 74: 1939—1947. PMID 10644367 DOI:10.1128/JVI.74.4.1939-1947.2000
  • Rountree M.R., Bachman K.E., Baylin S.B. (2000). DNMT1 binds HDAC2 and a new co-repressor, DMAP1, to form a complex at replication foci. Nat. Genet. 25: 269—277. PMID 10888872 DOI:10.1038/77023
  • Ahringer J. (2000). NuRD and SIN3 histone deacetylase complexes in development. Trends Genet. 16: 351—356. PMID 10904264 DOI:10.1016/S0168-9525(00)02066-7

Примітки

  1. ↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з histone deacetylase 2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. ↑ Human PubMed Reference:.
  3. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  4. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4853 (англ.) . Архів оригіналу за 28 березня 2016. Процитовано 6 вересня 2017.
  5. ↑ UniProt, Q92769 (англ.) . Архів оригіналу за 1 вересня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 6
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»