KDM4D

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3DXT, 3DXU, 4D6Q, 4D6R, 4D6S, 4HON, 4HOO, 5FP9, 5F5A, 5FP8, 5FPA, 5FPB, 5FP4, 5F5C

Ідентифікатори

Символи

KDM4D, JMJD2D, lysine demethylase 4D

Зовнішні ІД

OMIM: 609766 MGI: 3606484 HomoloGene: 69244 GeneCards: KDM4D

Онтологія гена
Молекулярна функція	• oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • damaged DNA binding • chromatin DNA binding • methylated histone binding
Клітинна компонента	• blood microparticle • клітинне ядро • нуклеоплазма • site of double-strand break • pericentric heterochromatin • histone methyltransferase complex
Біологічний процес	• regulation of protein phosphorylation • cellular response to ionizing radiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of chromatin binding • double-strand break repair via homologous recombination • transcription, DNA-templated • positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining • histone H3-K9 demethylation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • cellular response to DNA damage stimulus • negative regulation of histone H3-K9 trimethylation • ремоделювання хроматину
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


55693


244694

Ensembl


ENSG00000186280


ENSMUSG00000053914

UniProt


Q6B0I6


Q3U2K5

RefSeq (мРНК)


NM_018039


NM_173433

RefSeq (білок)


NP_060509


NP_775609

Локус (UCSC)

Хр. 11: 94.97 – 95 Mb

Хр. 9: 14.37 – 14.41 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM4D (англ. Lysine demethylase 4D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 523 амінокислот, а молекулярна маса — 58 603^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
METMKSKANC	AQNPNCNIMI	FHPTKEEFND	FDKYIAYMES	QGAHRAGLAK
IIPPKEWKAR	ETYDNISEIL	IATPLQQVAS	GRAGVFTQYH	KKKKAMTVGE
YRHLANSKKY	QTPPHQNFED	LERKYWKNRI	YNSPIYGADI	SGSLFDENTK
QWNLGHLGTI	QDLLEKECGV	VIEGVNTPYL	YFGMWKTTFA	WHTEDMDLYS
INYLHLGEPK	TWYVVPPEHG	QRLERLAREL	FPGSSRGCGA	FLRHKVALIS
PTVLKENGIP	FNRITQEAGE	FMVTFPYGYH	AGFNHGFNCA	EAINFATPRW
IDYGKMASQC	SCGEARVTFS	MDAFVRILQP	ERYDLWKRGQ	DRAVVDHMEP
RVPASQELST	QKEVQLPRRA	ALGLRQLPSH	WARHSPWPMA	ARSGTRCHTL
VCSSLPRRSA	VSGTATQPRA	AAVHSSKKPS	STPSSTPGPS	AQIIHPSNGR
RGRGRPPQKL	RAQELTLQTP	AKRPLLAGTT	CTASGPEPEP	LPEDGALMDK
PVPLSPGLQH	PVKASGCSWA	PVP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Katoh M., Katoh M. (2004). Identification and characterization of JMJD2 family genes in silico. Int. J. Oncol. 24: 1623—1628. PMID 15138608

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:25498 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q6B0I6 (англ.) . Архів оригіналу за 13 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.