PCDH1

Ідентифікатори

Символи

PCDH1, PC42, PCDH42, protocadherin 1

Зовнішні ІД

OMIM: 603626 MGI: 104692 HomoloGene: 12613 GeneCards: PCDH1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• calcium ion binding
Клітинна компонента	• integral component of membrane • клітинна мембрана • integral component of plasma membrane • мембрана • cell-cell junction • клітинне ядро • ядерце • міжклітинні контакти • внутрішньоклітинна мембранна органела
Біологічний процес	• cell-cell signaling • адгезія клітин • нейробіологія розвитку • homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5097


75599

Ensembl


ENSG00000156453


ENSMUSG00000051375

UniProt


Q08174


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_001278613 NM_001278615 NM_002587 NM_032420


NM_029357

RefSeq (білок)


NP_001265542 NP_001265544 NP_002578 NP_115796


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 5: 141.85 – 141.88 Mb

Хр. 18: 38.32 – 38.35 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PCDH1 (англ. Protocadherin 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 060 амінокислот, а молекулярна маса — 114 743^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDSGAGGRRC	PEAALLILGP	PRMEHLRHSP	GPGGQRLLLP	SMLLALLLLL
APSPGHATRV	VYKVPEEQPP	NTLIGSLAAD	YGFPDVGHLY	KLEVGAPYLR
VDGKTGDIFT	TETSIDREGL	RECQNQLPGD	PCILEFEVSI	TDLVQNGSPR
LLEGQIEVQD	INDNTPNFAS	PVITLAIPEN	TNIGSLFPIP	LASDRDAGPN
GVASYELQAG	PEAQELFGLQ	VAEDQEEKQP	QLIVMGNLDR	ERWDSYDLTI
KVQDGGSPPR	ASSALLRVTV	LDTNDNAPKF	ERPSYEAELS	ENSPIGHSVI
QVKANDSDQG	ANAEIEYTFH	QAPEVVRRLL	RLDRNTGLIT	VQGPVDREDL
STLRFSVLAK	DRGTNPKSAR	AQVVVTVKDM	NDNAPTIEIR	GIGLVTHQDG
MANISEDVAE	ETAVALVQVS	DRDEGENAAV	TCVVAGDVPF	QLRQASETGS
DSKKKYFLQT	TTPLDYEKVK	DYTIEIVAVD	SGNPPLSSTN	SLKVQVVDVN
DNAPVFTQSV	TEVAFPENNK	PGEVIAEITA	SDADSGSNAE	LVYSLEPEPA
AKGLFTISPE	TGEIQVKTSL	DREQRESYEL	KVVAADRGSP	SLQGTATVLV
NVLDCNDNDP	KFMLSGYNFS	VMENMPALSP	VGMVTVIDGD	KGENAQVQLS
VEQDNGDFVI	QNGTGTILSS	LSFDREQQST	YTFQLKAVDG	GVPPRSAYVG
VTINVLDEND	NAPYITAPSN	TSHKLLTPQT	RLGETVSQVA	AEDFDSGVNA
ELIYSIAGGN	PYGLFQIGSH	SGAITLEKEI	ERRHHGLHRL	VVKVSDRGKP
PRYGTALVHL	YVNETLANRT	LLETLLGHSL	DTPLDIDIAG	DPEYERSKQR
GNILFGVVAG	VVAVALLIAL	AVLVRYCRQR	EAKSGYQAGK	KETKDLYAPK
PSGKASKGNK	SKGKKSKSPK	PVKPVEDEDE	AGLQKSLKFN	LMSDAPGDSP
RIHLPLNYPP	GSPDLGRHYR	SNSPLPSIQL	QPQSPSASKK	HQVVQDLPPA
NTFVGTGDTT	STGSEQYSDY	SYRTNPPKYP	SKQVGQPFQL	STPQPLPHPY
HGAIWTEVWE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як клітинна адгезія, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іоном кальцію. Локалізований у клітинній мембрані, мембрані, клітинних контактах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8655 (англ.) . Архів оригіналу за 17 березня 2016. Процитовано 31 серпня 2017.
↑ UniProt, Q08174 (англ.) . Архів оригіналу за 7 листопада 2016. Процитовано 31 серпня 2017.