SLITRK1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4RCA, 4RCW

Ідентифікатори

Символи

SLITRK1, LRRC12, TTM, SLIT and NTRK like family member 1, slitrk1

Зовнішні ІД

OMIM: 609678 MGI: 2679446 HomoloGene: 14174 GeneCards: SLITRK1

Пов'язані генетичні захворювання

трихотіломанія^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
Клітинна компонента	• integral component of membrane • мембрана • синапс • extracellular region • міжклітинні контакти • клітинна мембрана • glutamatergic synapse • GABA-ergic synapse • integral component of postsynaptic density membrane
Біологічний процес	• adult behavior • нейробіологія розвитку • multicellular organism growth • homeostatic process • positive regulation of synapse assembly • synapse assembly • positive regulation of axonogenesis • аксоноґенеза • GO:1904739 regulation of synapse organization • synaptic membrane adhesion • regulation of presynapse assembly
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


114798


76965

Ensembl


ENSG00000178235


ENSMUSG00000075478

UniProt


Q96PX8


Q810C1

RefSeq (мРНК)


NM_052910 NM_001281503


NM_199065

RefSeq (білок)


NP_001268432 NP_443142


NP_951020

Локус (UCSC)

Хр. 13: 83.88 – 83.88 Mb

Хр. 14: 109.15 – 109.15 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SLITRK1 (англ. SLIT and NTRK like family member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 696 амінокислот, а молекулярна маса — 77 735^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLLWILLLET	SLCFAAGNVT	GDVCKEKICS	CNEIEGDLHV	DCEKKGFTSL
QRFTAPTSQF	YHLFLHGNSL	TRLFPNEFAN	FYNAVSLHME	NNGLHEIVPG
AFLGLQLVKR	LHINNNKIKS	FRKQTFLGLD	DLEYLQADFN	LLRDIDPGAF
QDLNKLEVLI	LNDNLISTLP	ANVFQYVPIT	HLDLRGNRLK	TLPYEEVLEQ
IPGIAEILLE	DNPWDCTCDL	LSLKEWLENI	PKNALIGRVV	CEAPTRLQGK
DLNETTEQDL	CPLKNRVDSS	LPAPPAQEET	FAPGPLPTPF	KTNGQEDHAT
PGSAPNGGTK	IPGNWQIKIR	PTAAIATGSS	RNKPLANSLP	CPGGCSCDHI
PGSGLKMNCN	NRNVSSLADL	KPKLSNVQEL	FLRDNKIHSI	RKSHFVDYKN
LILLDLGNNN	IATVENNTFK	NLLDLRWLYM	DSNYLDTLSR	EKFAGLQNLE
YLNVEYNAIQ	LILPGTFNAM	PKLRILILNN	NLLRSLPVDV	FAGVSLSKLS
LHNNYFMYLP	VAGVLDQLTS	IIQIDLHGNP	WECSCTIVPF	KQWAERLGSE
VLMSDLKCET	PVNFFRKDFM	LLSNDEICPQ	LYARISPTLT	SHSKNSTGLA
ETGTHSNSYL	DTSRVSISVL	VPGLLLVFVT	SAFTVVGMLV	FILRNRKRSK
RRDANSSASE	INSLQTVCDS	SYWHNGPYNA	DGAHRVYDCG	SHSLSD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Локалізований у мембрані, клітинних контактах, синапсах. Також секретований назовні.

Література

Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXI. The complete sequences of 60 new cDNA clones from brain which code for large proteins. DNA Res. 8: 179—187. PMID 11572484 DOI:10.1093/dnares/8.4.179
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Aruga J., Yokota N., Mikoshiba K. (2003). Human SLITRK family genes: genomic organization and expression profiling in normal brain and brain tumor tissue. Gene. 315: 87—94. PMID 14557068 DOI:10.1016/S0378-1119(03)00715-7
Kajiwara Y., Buxbaum J.D., Grice D.E. (2009). SLITRK1 binds 14-3-3 and regulates neurite outgrowth in a phosphorylation-dependent manner. Biol. Psychiatry. 66: 918—925. PMID 19640509 DOI:10.1016/j.biopsych.2009.05.033
Beaubien F., Raja R., Kennedy T.E., Fournier A.E., Cloutier J.F. (2016). Slitrk1 is localized to excitatory synapses and promotes their development. Sci. Rep. 6: 27343—27343. PMID 27273464 DOI:10.1038/srep27343

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SLITRK1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20297 (англ.) . Архів оригіналу за 21 лютого 2016. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q96PX8 (англ.) . Архів оригіналу за 26 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.