SMARCD1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1UHR

Ідентифікатори

Символи

SMARCD1, BAF60A, CRACD1, Rsc6p, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1, CSS11

Зовнішні ІД

OMIM: 601735 MGI: 1933623 HomoloGene: 20670 GeneCards: SMARCD1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0032947 molecular adaptor activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • signaling receptor binding
Клітинна компонента	• npBAF complex • nBAF complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • внутрішньоклітинна мембранна органела • SWI/SNF complex
Біологічний процес	• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину • nucleosome disassembly • cellular response to fatty acid • нейробіологія розвитку • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6602


83797

Ensembl


ENSG00000066117


ENSMUSG00000023018

UniProt


Q96GM5


Q61466

RefSeq (мРНК)


NM_003076 NM_139071


NM_031842

RefSeq (білок)


NP_003067 NP_620710


NP_114030

Локус (UCSC)

Хр. 12: 50.09 – 50.1 Mb

Хр. 15: 99.6 – 99.61 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SMARCD1 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 515 амінокислот, а молекулярна маса — 58 233^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAARAGFQSV	APSGGAGASG	GAGAAAALGP	GGTPGPPVRM	GPAPGQGLYR
SPMPGAAYPR	PGMLPGSRMT	PQGPSMGPPG	YGGNPSVRPG	LAQSGMDQSR
KRPAPQQIQQ	VQQQAVQNRN	HNAKKKKMAD	KILPQRIREL	VPESQAYMDL
LAFERKLDQT	IMRKRLDIQE	ALKRPIKQKR	KLRIFISNTF	NPAKSDAEDG
EGTVASWELR	VEGRLLEDSA	LSKYDATKQK	RKFSSFFKSL	VIELDKDLYG
PDNHLVEWHR	TATTQETDGF	QVKRPGDVNV	RCTVLLMLDY	QPPQFKLDPR
LARLLGIHTQ	TRPVIIQALW	QYIKTHKLQD	PHEREFVICD	KYLQQIFESQ
RMKFSEIPQR	LHALLMPPEP	IIINHVISVD	PNDQKKTACY	DIDVEVDDTL
KTQMNSFLLS	TASQQEIATL	DNKIHETIET	INQLKTQREF	MLSFARDPQG
FINDWLQSQC	RDLKTMTDVV	GNPEEERRAE	FYFQPWAQEA	VCRYFYSKVQ
QRRQELEQAL	GIRNT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як нейрогенез, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Koszewski N.J., Henry K.W., Lubert E.J., Gravatte H., Noonan D.J. (2003). Use of a modified yeast one-hybrid screen to identify BAF60a interactions with the Vitamin D receptor heterodimer. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 87: 223—231. PMID 14698202 DOI:10.1016/j.jsbmb.2003.09.006
Hsiao P.W., Fryer C.J., Trotter K.W., Wang W., Archer T.K. (2003). BAF60a mediates critical interactions between nuclear receptors and the BRG1 chromatin-remodeling complex for transactivation. Mol. Cell. Biol. 23: 6210—6220. PMID 12917342 DOI:10.1128/MCB.23.17.6210-6220.2003

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11106 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q96GM5 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.