TDP1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1JY1, 1MU7, 1MU9, 1NOP, 1QZQ, 1RFF, 1RFI, 1RG1, 1RG2, 1RGT, 1RGU, 1RH0

Ідентифікатори

Символи

TDP1, tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

Зовнішні ІД

OMIM: 607198 MGI: 1920036 HomoloGene: 5424 GeneCards: TDP1

Пов'язані генетичні захворювання

spinocerebellar ataxia type 1 with axonal neuropathy^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• phosphoric diester hydrolase activity • single-stranded DNA binding • nuclease activity • double-stranded DNA binding • 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity • exonuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • клітинна мембрана • внутрішньоклітинна мембранна органела • клітинне ядро
Біологічний процес	• single strand break repair • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • cellular response to DNA damage stimulus
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


55775


104884

Ensembl


ENSG00000042088


ENSMUSG00000021177

UniProt


Q9NUW8


Q8BJ37

RefSeq (мРНК)


NM_001008744 NM_018319 NM_001330205


NM_028354

RefSeq (білок)


NP_001008744 NP_001317134 NP_060789


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 14: 89.95 – 90.04 Mb

Хр. 12: 99.88 – 99.96 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TDP1 (англ. Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 608 амінокислот, а молекулярна маса — 68 420^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSQEGDYGRW	TISSSDESEE	EKPKPDKPST	SSLLCARQGA	ANEPRYTCSE
AQKAAHKRKI	SPVKFSNTDS	VLPPKRQKSG	SQEDLGWCLS	SSDDELQPEM
PQKQAEKVVI	KKEKDISAPN	DGTAQRTENH	GAPACHRLKE	EEDEYETSGE
GQDIWDMLDK	GNPFQFYLTR	VSGVKPKYNS	GALHIKDILS	PLFGTLVSSA
QFNYCFDVDW	LVKQYPPEFR	KKPILLVHGD	KREAKAHLHA	QAKPYENISL
CQAKLDIAFG	THHTKMMLLL	YEEGLRVVIH	TSNLIHADWH	QKTQGIWLSP
LYPRIADGTH	KSGESPTHFK	ADLISYLMAY	NAPSLKEWID	VIHKHDLSET
NVYLIGSTPG	RFQGSQKDNW	GHFRLKKLLK	DHASSMPNAE	SWPVVGQFSS
VGSLGADESK	WLCSEFKESM	LTLGKESKTP	GKSSVPLYLI	YPSVENVRTS
LEGYPAGGSL	PYSIQTAEKQ	NWLHSYFHKW	SAETSGRSNA	MPHIKTYMRP
SPDFSKIAWF	LVTSANLSKA	AWGALEKNGT	QLMIRSYELG	VLFLPSAFGL
DSFKVKQKFF	AGSQEPMATF	PVPYDLPPEL	YGSKDRPWIW	NIPYVKAPDT
HGNMWVPS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Pouliot J.J., Yao K.C., Robertson C.A., Nash H.A. (1999). Yeast gene for a Tyr-DNA phosphodiesterase that repairs topoisomerase I complexes. Science. 286: 552—555. PMID 10521354 DOI:10.1126/science.286.5439.552
Interthal H., Pouliot J.J., Champoux J.J. (2001). The tyrosyl-DNA phosphodiesterase Tdp1 is a member of the phospholipase D superfamily. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 12009—12014. PMID 11572945 DOI:10.1073/pnas.211429198
Raymond A.C., Rideout M.C., Staker B., Hjerrild K., Burgin A.B. Jr. (2004). Analysis of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase I catalytic residues. J. Mol. Biol. 338: 895—906. PMID 15111055 DOI:10.1016/j.jmb.2004.03.013
Raymond A.C., Staker B.L., Burgin A.B. Jr. (2005). Substrate specificity of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (Tdp1). J. Biol. Chem. 280: 22029—22035. PMID 15811850 DOI:10.1074/jbc.M502148200
Interthal H., Chen H.J., Champoux J.J. (2005). Human Tdp1 cleaves a broad spectrum of substrates, including phosphoamide linkages. J. Biol. Chem. 280: 36518—36528. PMID 16141202 DOI:10.1074/jbc.M508898200

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з TDP1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18884 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9NUW8 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.