Các đội bóng được chia thành ba bảng theo khu vực địa lý, thi đấu vòng tròn một lượt chọn ra tổng cộng 10 đội (hai đội ở bảng A, ba đội ở bảng B, năm đội ở bảng C) tham dự vòng chung kết.
Bảng A (Khu vực miền Bắc)
Năm đội tham dự bảng đấu này. Những đội bóng vượt qua vòng loại được in đậm.
Đường sắt Việt Nam
Thừa Thiên Huế
Thanh Hóa
chưa rõ
chưa rõ
Bảng B (Khu vực miền Trung)
Các đội thi đấu để chọn ra ba đội đứng đầu vào vòng chung kết. Những đội bóng vượt qua vòng loại được in đậm.
20 đội tham dự bảng đấu được chia thành hai nhóm để thi đấu từ ngày 21 tháng 6 đến ngày 26 tháng 7. Hai đội đứng đầu nhóm 1 và ba đội đứng đầu nhóm 2 lọt vào vòng chung kết, ngoài ra bốn đội đứng đầu từ mỗi nhóm giành quyền tham dự vòng loại Cúp Quốc gia khu vực phía Nam.[2] Những đội bóng vượt qua vòng loại được in đậm.
Đội thắng trong trận bán kết sẽ trực tiếp giành quyền thăng hạng giải vô địch quốc gia mùa bóng năm sau, đội thua sẽ tranh vé vớt với hai đội xếp thứ 13, 14 của giải Hạng Nhất quốc gia. Khác với mùa giải năm ngoái, giải lần này không có trận chung kết.[3]
^“Vietnam 1998”. www.rsssf.org. Truy cập ngày 2 tháng 10 năm 2023.
^Lê Mai (15 tháng 6 năm 1998). “Từ 21/6/1998: Khởi tranh giải bóng đá Hạng nhì quốc gia - bảng C”. Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh. tr. 22.
^“Hai đội Đà Nẳng và Vĩnh Long được lên hạng nhất: kết thúc vòng chung kết giải bóng đá hạng nhì quốc gia 98 // Sài Gòn Giải Phóng. - 26/11/1998. - Tr.8”. Thư viện Khoa Học Tổng Hợp thành phố Hồ Chí Minh. Truy cập ngày 5 tháng 10 năm 2023.