Vòng loại diễn ra từ ngày 1 tháng 6 đến ngày 30 tháng 6 năm 2009. Tổng cộng có tám đội sẽ đủ điều kiện để tham dự vòng chung kết, bao gồm cả đội được đặc cách tham dự giải đấu với tư cách chủ nhà và đội đương kim vô địch Giải bóng đá U-17 Quốc gia 2008.
Các đội bóng
Hai mươi ba đội bóng đã đăng ký tham dự mùa giải lần này từ vòng loại.[1] Đội đương kim vô địch Sông Lam Nghệ An và đội chủ nhà của vòng chung kết Nam Định được ưu tiên không phải thi đấu vòng loại. Các đội bóng được sắp xếp sẵn vào các bảng đấu dựa theo khu vực địa lý. Những đội bóng đóng vai trò là chủ nhà của bảng đấu vòng loại được ký hiệu bởi (H).
Do Hà Tĩnh được bổ sung ở bảng A và Bình Thuận rút lui ở bảng C,[2] thể thức thi đấu ở các bảng như sau:
Bảng A: 8 đội được chia thành hai nhóm 4 đội, trong mỗi nhóm các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm. Hai đội đứng đầu mỗi nhóm lọt vào vòng bán kết, hai đội thắng bán kết giành quyền tham dự vòng chung kết.[1]
Các bảng B, C, D: Các đội trong bảng thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm. Chọn đội nhất bảng B, hai đội đứng đầu bảng C và đội nhất bảng D lọt vào vòng chung kết.
Các tiêu chí
Các đội được xếp hạng theo điểm (3 điểm cho 1 trận thắng, 1 điểm cho 1 trận hòa, 0 điểm cho 1 trận thua), và nếu bằng điểm, các tiêu chí sau đây được áp dụng theo thứ tự, để xác định thứ hạng:
Điểm trong các trận đối đầu trực tiếp giữa các đội bằng điểm;
Số bàn thắng ghi được trong các trận đối đầu trực tiếp giữa các đội bằng điểm;
Nếu có nhiều hơn hai đội bằng điểm, và sau khi áp dụng tất cả các tiêu chí đối đầu ở trên, một nhóm nhỏ các đội vẫn còn bằng điểm nhau, tất cả các tiêu chí đối đầu ở trên được áp dụng lại cho riêng nhóm này;
Hiệu số bàn thắng thua trong tất cả các trận đấu bảng;
Số bàn thắng ghi được trong tất cả các trận đấu bảng;
Bốc thăm.
Đội hình
Các cầu thủ sinh từ ngày 1 tháng 1 năm 1993 đến ngày 31 tháng 12 năm 1994 có đủ điều kiện để tham dự giải đấu. Mỗi đội bóng phải đăng ký một danh sách gồm tối đa 25 cầu thủ, với tối đa 5 cầu thủ thuộc độ tuổi 17 (Quy định mục 4.1 và 4.2).[3]
Các bảng
Bảng A
Các trận đấu diễn ra tại Trung tâm Đào tạo bóng đá Viettel, Hà Nội từ ngày 12 tháng 6 đến ngày 19 tháng 6 năm 2009.