COL16A1 |
---|
|
Ідентифікатори |
---|
Символи | COL16A1, 447AA, FP1572, collagen type XVI alpha 1, collagen type XVI alpha 1 chain |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 120326 MGI: 1095396 HomoloGene: 1397 GeneCards: COL16A1 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • integrin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • extracellular matrix structural constituent • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength |
---|
Клітинна компонента | • extracellular region • collagen type XVI trimer • колаген • endoplasmic reticulum lumen • GO:0005578 Позаклітинна матриця • міжклітинний простір • collagen-containing extracellular matrix |
---|
Біологічний процес | • cellular response to amino acid stimulus • integrin-mediated signaling pathway • жіноча вагітність • positive regulation of focal adhesion assembly • integrin activation • адгезія клітин • extracellular matrix organization • cell adhesion mediated by integrin |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | | NP_082542 NP_001391281 NP_001391282 |
|
---|
Локус (UCSC) | Хр. 1: 31.65 – 31.7 Mb | Хр. 4: 129.94 – 129.99 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
COL16A1 (англ. Collagen type XVI alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 604 амінокислот, а молекулярна маса — 157 751[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MWVSWAPGLW | | LLGLWATFGH | | GANTGAQCPP | | SQQEGLKLEH | | SSSLPANVTG |
FNLIHRLSLM | | KTSAIKKIRN | | PKGPLILRLG | | AAPVTQPTRR | | VFPRGLPEEF |
ALVLTLLLKK | | HTHQKTWYLF | | QVTDANGYPQ | | ISLEVNSQER | | SLELRAQGQD |
GDFVSCIFPV | | PQLFDLRWHK | | LMLSVAGRVA | | SVHVDCSSAS | | SQPLGPRRPM |
RPVGHVFLGL | | DAEQGKPVSF | | DLQQVHIYCD | | PELVLEEGCC | | EILPAGCPPE |
TSKARRDTQS | | NELIEINPQS | | EGKVYTRCFC | | LEEPQNSEVD | | AQLTGRISQK |
AERGAKVHQE | | TAADECPPCV | | HGARDSNVTL | | APSGPKGGKG | | ERGLPGPPGS |
KGEKGARGND | | CVRISPDAPL | | QCAEGPKGEK | | GESGALGPSG | | LPGSTGEKGQ |
KGEKGDGGIK | | GVPGKPGRDG | | RPGEICVIGP | | KGQKGDPGFV | | GPEGLAGEPG |
PPGLPGPPGI | | GLPGTPGDPG | | GPPGPKGDKG | | SSGIPGKEGP | | GGKPGKPGVK |
GEKGDPCEVC | | PTLPEGFQNF | | VGLPGKPGPK | | GEPGDPVPAR | | GDPGIQGIKG |
EKGEPCLSCS | | SVVGAQHLVS | | STGASGDVGS | | PGFGLPGLPG | | RAGVPGLKGE |
KGNFGEAGPA | | GSPGPPGPVG | | PAGIKGAKGE | | PCEPCPALSN | | LQDGDVRVVA |
LPGPSGEKGE | | PGPPGFGLPG | | KQGKAGERGL | | KGQKGDAGNP | | GDPGTPGTTG |
RPGLSGEPGV | | QGPAGPKGEK | | GDGCTACPSL | | QGTVTDMAGR | | PGQPGPKGEQ |
GPEGVGRPGK | | PGQPGLPGVQ | | GPPGLKGVQG | | EPGPPGRGVQ | | GPQGEPGAPG |
LPGIQGLPGP | | RGPPGPTGEK | | GAQGSPGVKG | | ATGPVGPPGA | | SVSGPPGRDG |
QQGQTGLRGT | | PGEKGPRGEK | | GEPGECSCPS | | QGDLIFSGMP | | GAPGLWMGSS |
WQPGPQGPPG | | IPGPPGPPGV | | PGLQGVPGNN | | GLPGQPGLTA | | ELGSLPIEQH |
LLKSICGDCV | | QGQRAHPGYL | | VEKGEKGDQG | | IPGVPGLDNC | | AQCFLSLERP |
RAEEARGDNS | | EGDPGCVGSP | | GLPGPPGLPG | | QRGEEGPPGM | | RGSPGPPGPI |
GPPGFPGAVG | | SPGLPGLQGE | | RGLTGLTGDK | | GEPGPPGQPG | | YPGATGPPGL |
PGIKGERGYT | | GSAGEKGEPG | | PPGSEGLPGP | | PGPAGPRGER | | GPQGNSGEKG |
DQGFQGQPGF | | PGPPGPPGFP | | GKVGSPGPPG | | PQAEKGSEGI | | RGPSGLPGSP |
GPPGPPGIQG | | PAGLDGLDGK | | DGKPGLRGDP | | GPAGPPGLMG | | PPGFKGKTGH |
PGLPGPKGDC | | GKPGPPGSTG | | RPGAEGEPGA | | MGPQGRPGPP | | GHVGPPGPPG |
QPGPAGISAV | | GLKGDRGATG | | ERGLAGLPGQ | | PGPPGHPGPP | | GEPGTDGAAG |
KEGPPGKQGF | | YGPPGPKGDP | | GAAGQKGQAG | | EKGRAGMPGG | | PGKSGSMGPV |
GPPGPAGERG | | HPGAPGPSGS | | PGLPGVPGSM | | GDMVNYDEIK | | RFIRQEIIKM |
FDERMAYYTS | | RMQFPMEMAA | | APGRPGPPGK | | DGAPGRPGAP | | GSPGLPGQIG |
REGRQGLPGV | | RGLPGTKGEK | | GDIGIGIAGE | | NGLPGPPGPQ | | GPPGYGKMGA |
TGPMGQQGIP | | GIPGPPGPMG | | QPGKAGHCNP | | SDCFGAMPME | | QQYPPMKTMK |
GPFG |
Задіяний у такому біологічному процесі як клітинна адгезія. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.
Література
- Pan T.-C., Zhang R.-Z., Mattei M.-G., Timpl R., Chu M.-L. (1992). Cloning and chromosomal location of human alpha 1(XVI) collagen. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: 6565—6569. PMID 1631157 DOI:10.1073/pnas.89.14.6565
- Grassel S., Timpl R., Tan E.M.L., Chu M.-L. (1996). Biosynthesis and processing of type XVI collagen in human fibroblasts and smooth muscle cells. Eur. J. Biochem. 242: 576—584. PMID 9022684 DOI:10.1111/j.1432-1033.1996.0576r.x
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2193 (англ.) . Архів оригіналу за 22 березня 2016. Процитовано 25 серпня 2017.
- ↑ UniProt, Q07092 (англ.) . Архів оригіналу за 25 вересня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.
Див. також
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |