COL18A1 |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 1BNL, 3HON, 3HSH | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | COL18A1, KNO, KNO1, KS, Collagen, type XVIII, alpha 1, collagen type XVIII alpha 1, collagen type XVIII alpha 1 chain, GLCC |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 120328 MGI: 88451 HomoloGene: 7673 GeneCards: COL18A1 |
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
Knobloch syndrome[1] |
|
Реагує на сполуку |
---|
ocriplasmin[2] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • structural molecule activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • extracellular matrix structural constituent • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength |
---|
Клітинна компонента | • колаген • endoplasmic reticulum lumen • GO:0005578 Позаклітинна матриця • базальна мембрана • екзосома • міжклітинний простір • extracellular region • collagen-containing extracellular matrix |
---|
Біологічний процес | • positive regulation of cell migration • endothelial cell morphogenesis • response to hydrostatic pressure • extracellular matrix organization • positive regulation of endothelial cell apoptotic process • адгезія клітин • Ангіогенез • positive regulation of cell population proliferation • animal organ morphogenesis • collagen catabolic process • зір • negative regulation of cell population proliferation |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | NM_130445 NM_030582 NM_130444 NM_001379500 |
| |
---|
RefSeq (білок) | | NP_085059 NP_569711 NP_569712 NP_001366429 |
| NP_001103461 NP_034059 NP_001393179 NP_001393180 NP_001393181
| NP_001393182 NP_001393183 NP_001393184 |
|
---|
Локус (UCSC) | Хр. 21: 45.41 – 45.51 Mb | Хр. 10: 76.89 – 77 Mb |
---|
PubMed search | [3] | [4] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
COL18A1 (англ. Collagen type XVIII alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 21-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 754 амінокислот, а молекулярна маса — 178 188[6].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MAPYPCGCHI | | LLLLFCCLAA | | ARANLLNLNW | | LWFNNEDTSH | | AATTIPEPQG |
PLPVQPTADT | | TTHVTPRNGS | | TEPATAPGSP | | EPPSELLEDG | | QDTPTSAESP |
DAPEENIAGV | | GAEILNVAKG | | IRSFVQLWND | | TVPTESLARA | | ETLVLETPVG |
PLALAGPSST | | PQENGTTLWP | | SRGIPSSPGA | | HTTEAGTLPA | | PTPSPPSLGR |
PWAPLTGPSV | | PPPSSGRASL | | SSLLGGAPPW | | GSLQDPDSQG | | LSPAAAAPSQ |
QLQRPDVRLR | | TPLLHPLVMG | | SLGKHAAPSA | | FSSGLPGALS | | QVAVTTLTRD |
SGAWVSHVAN | | SVGPGLANNS | | ALLGADPEAP | | AGRCLPLPPS | | LPVCGHLGIS |
RFWLPNHLHH | | ESGEQVRAGA | | RAWGGLLQTH | | CHPFLAWFFC | | LLLVPPCGSV |
PPPAPPPCCQ | | FCEALQDACW | | SRLGGGRLPV | | ACASLPTQED | | GYCVLIGPAA |
ERISEEVGLL | | QLLGDPPPQQ | | VTQTDDPDVG | | LAYVFGPDAN | | SGQVARYHFP |
SLFFRDFSLL | | FHIRPATEGP | | GVLFAITDSA | | QAMVLLGVKL | | SGVQDGHQDI |
SLLYTEPGAG | | QTHTAASFRL | | PAFVGQWTHL | | ALSVAGGFVA | | LYVDCEEFQR |
MPLARSSRGL | | ELEPGAGLFV | | AQAGGADPDK | | FQGVIAELKV | | RRDPQVSPMH |
CLDEEGDDSD | | GASGDSGSGL | | GDARELLREE | | TGAALKPRLP | | APPPVTTPPL |
AGGSSTEDSR | | SEEVEEQTTV | | ASLGAQTLPG | | SDSVSTWDGS | | VRTPGGRVKE |
GGLKGQKGEP | | GVPGPPGRAG | | PPGSPCLPGP | | PGLPCPVSPL | | GPAGPALQTV |
PGPQGPPGPP | | GRDGTPGRDG | | EPGDPGEDGK | | PGDTGPQGFP | | GTPGDVGPKG |
DKGDPGVGER | | GPPGPQGPPG | | PPGPSFRHDK | | LTFIDMEGSG | | FGGDLEALRG |
PRGFPGPPGP | | PGVPGLPGEP | | GRFGVNSSDV | | PGPAGLPGVP | | GREGPPGFPG |
LPGPPGPPGR | | EGPPGRTGQK | | GSLGEAGAPG | | HKGSKGAPGP | | AGARGESGLA |
GAPGPAGPPG | | PPGPPGPPGP | | GLPAGFDDME | | GSGGPFWSTA | | RSADGPQGPP |
GLPGLKGDPG | | VPGLPGAKGE | | VGADGVPGFP | | GLPGREGIAG | | PQGPKGDRGS |
RGEKGDPGKD | | GVGQPGLPGP | | PGPPGPVVYV | | SEQDGSVLSV | | PGPEGRPGFA |
GFPGPAGPKG | | NLGSKGERGS | | PGPKGEKGEP | | GSIFSPDGGA | | LGPAQKGAKG |
EPGFRGPPGP | | YGRPGYKGEI | | GFPGRPGRPG | | MNGLKGEKGE | | PGDASLGFGM |
RGMPGPPGPP | | GPPGPPGTPV | | YDSNVFAESS | | RPGPPGLPGN | | QGPPGPKGAK |
GEVGPPGPPG | | QFPFDFLQLE | | AEMKGEKGDR | | GDAGQKGERG | | EPGGGGFFGS |
SLPGPPGPPG | | PPGPRGYPGI | | PGPKGESIRG | | QPGPPGPQGP | | PGIGYEGRQG |
PPGPPGPPGP | | PSFPGPHRQT | | ISVPGPPGPP | | GPPGPPGTMG | | ASSGVRLWAT |
RQAMLGQVHE | | VPEGWLIFVA | | EQEELYVRVQ | | NGFRKVQLEA | | RTPLPRGTDN |
EVAALQPPVV | | QLHDSNPYPR | | REHPHPTARP | | WRADDILASP | | PRLPEPQPYP |
GAPHHSSYVH | | LRPARPTSPP | | AHSHRDFQPV | | LHLVALNSPL | | SGGMRGIRGA |
DFQCFQQARA | | VGLAGTFRAF | | LSSRLQDLYS | | IVRRADRAAV | | PIVNLKDELL |
FPSWEALFSG | | SEGPLKPGAR | | IFSFDGKDVL | | RHPTWPQKSV | | WHGSDPNGRR |
LTESYCETWR | | TEAPSATGQA | | SSLLGGRLLG | | QSAASCHHAY | | IVLCIENSFM |
TASK |
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинна адгезія, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.
Література
- Saarela J., Ylikarppa R., Rehn M., Purmonen S., Pihlajaniemi T. (1998). Complete primary structure of two variant forms of human type XVIII collagen and tissue-specific differences in the expression of the corresponding transcripts. Matrix Biol. 16: 319—328. PMID 9503365 DOI:10.1016/S0945-053X(98)90003-8
- Elamaa H., Snellman A., Rehn M., Autio-Harmainen H., Pihlajaniemi T. (2003). Characterization of the human type XVIII collagen gene and proteolytic processing and tissue location of the variant containing a frizzled motif. Matrix Biol. 22: 427—442. PMID 14614989 DOI:10.1016/S0945-053X(03)00073-8
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Feng Y., Cui L.B., Liu C.X., Ma Q.J. (2001). Inhibition effect in vitro of purified endostatin expressed in Pichia pastoris. Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 17: 278—282. PMID 11517600
Примітки
- ↑ Захворювання, генетично пов'язані з COL18A1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з COL18A1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2195 (англ.) . Архів оригіналу за 18 червня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
- ↑ UniProt, P39060 (англ.) . Архів оригіналу за 17 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |